L'organisation de la FFAM repose sur un système pyramidal que l'on rencontre dans toutes les fédérations sportives. La base de cette pyramide est constituée par les licenciés, regroupés au sein des clubs, avec, aux « étages supérieurs » les CDAM (comités départementaux d'aéromodélisme), puis les LAM (ligues d'aéromodélisme).
La FFAM est administrée par un comité directeur dont les décisions sont exécutées par le bureau directeur, relayé au quotidien par le personnel salarié installé dans les bureaux du siège social.
La FFAM, fonctionne selon des textes qui lui sont propres et qui ont été, au fil des années, votés par les différentes assemblées générales annuelles.
Ce sont les statuts, le règlement intérieur qui complète les statuts, le règlement disciplinaire de lutte contre le dopage, le règlement médical, etc.
Chaque année en mars, l'assemblée générale de la FFAM se réunit à la demande de son président pour écouter le bilan moral et financier, récompenser les membres des équipes de France qui ont obtenu des podiums et des aéromodélistes qui se sont distingués dans leurs fonctions lors de l'année écoulée : meilleur club, jeune bénévole, féminine de l’année, etc.
Tous les quatre ans, lors de la fin de chaque olympiade, l'assemblée générale constituée par les présidents des associations affiliées procède à l'élection d'un nouveau comité directeur et d'un nouveau président. Son mandat prend fin au 31 décembre de l'année des Jeux Olympiques d'été.
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